El desplazamiento forzado también afecta a una gran parte de la población indígena son más de 180 casos que el CONADEH ha atendido, en su mayoría por defender su derecho a la tierra, donde los responsables de poner en riesgo la integridad física y la vida de miembros de los pueblos indígenas figuran personas vinculadas a bandas criminales, pandillas y al crimen organizado.